毛滴虫病潜伏期为4~28日，25%~50%感染阴道毛滴虫的患者初期无症状。主要临床症状为阴道分泌物增多、外阴瘙痒或出现烧灼感、疼痛、性交痛等症状，排尿时有烧灼感或疼痛。口腔毛滴虫感染者可能会出现牙龈炎、牙周炎等口腔疾病。
1、阴道毛滴虫：
（1）女性阴道分泌物增多，呈现为稀薄脓性、泡沫状、有异味，当分泌物含大量白细胞时，呈现为灰黄色、黄白色脓性，合并其他感染时呈现黄绿色。
（2）女性外阴瘙痒或出现烧灼感、疼痛、性交痛。
（3）尿频、尿痛，有时可有血尿。
2、人毛滴虫感染：可能会导致患者表现出腹痛、腹泻、恶心、呕吐、乏力、食欲下降等现象发生，严重的患者可能还会表现出消瘦、脱水等症状。
3、口腔毛滴虫感染：会导致患者出现牙周炎、牙龈炎等口腔疾病，长时间感染会导致龋齿的出现。