慢性结肠炎并不是一种确切的疾病，它可以包括肠功能紊乱所引起的腹痛、腹泻，也可以包括器质性疾病，如溃疡性结肠炎，所以由于病因、临床疾病的不同，所用的药物也不同。如果是功能性的，如腹痛、腹泻，往往是对症处理，如果腹痛时可以给予解痉药，如匹维溴铵，腹泻时也可以给予止泻药，如蒙脱石散，同时可以给予肠道的益生菌来维持肠道的微生态环境，对慢性腹泻也是有好处的。
如果是器质性的疾病，比如溃疡性结肠炎，在这种情况下，它的药物治疗应该根据病情的严重程度以及疾病的急性期、缓解期用药是不同的。往往在急性期可以用美沙拉嗪，严重的患者甚至需要糖皮质激素、生物制剂的干预，对缓解期同样需要美沙拉嗪的缓解，必要的时候也需要生物制剂的持续治疗，才能诱导缓解，维持治疗。