出生后一周的永存动脉干婴儿可表现为呼吸急促、心动过速、易激惹、喂养困难等心衰症状。位于左肺动脉和主动脉弓之间的左上叶支气管受压可加重呼吸困难，但少见。三分之一的病例可出现轻度紫绀。存活时间较长的患儿可表现为反复呼吸道感染、呼吸困难、发育迟缓，肺循环压力增高后紫绀加重。
1、心力衰竭：在出生后最初几周内，由于肺血管阻力较高，症状可较轻。随着肺血管床的退化，肺血管阻力降低，肺血流量增加，则出现心力衰竭表现，如呼吸困难、心动过速、烦躁、乏力、发育障碍，常反复出现肺部感染。
2、发绀：在婴儿期青紫不明显，儿童期一旦发展为艾森门格综合征，则出现明显青紫。在少见的情况下形成共干动脉瘤合并弓中断者可严重压追右主支气管引起右侧肺不张，如果左肺动脉与主动脉之间的左上叶支气管受压迫可加重呼吸困难。
3、发育差：除了表现为心力衰竭症状外，发育差，体重不增加是在婴儿期病儿的重要特征。