益生菌主要治疗以下疾病：1、胃肠道功能的失调，比如便秘、腹泻，这些胃肠道功能的失调很大一部分原因是因为肠道菌群的紊乱，适当有针对性的补充益生菌，在调节肠道功能，改善便秘和腹泻方面的作用非常明显。2、消化不良，因为很多腹痛、腹胀的人是因为肠道菌群失调之后而引起的改变，如果适当有针对性的补充益生菌，通过调节胃肠道菌群的数量、比例，能够达到很好的促进消化的作用。