肠镜能检查出直肠和结肠的很多病变，比如直肠结肠炎、溃疡型结直肠炎、直肠结肠息肉、直肠结肠癌，以及直肠、结肠的黏膜下病变，比如黏膜下的囊肿、间质瘤、血管瘤等等。
肠镜是指将肠镜设备通过肛门伸入到直肠、结肠，在直视的状态下观察直肠、结肠的黏膜病变，所以肠道黏膜出现炎症性病变、溃疡性病变、肿瘤性病变，都可以在肠镜下直观地判断。同时对于肿瘤性病变，可以取组织病理活检来进一步判断其性质。
对于肠道的黏膜下的病变，肠镜也可以进行初步的判断。这时表现为局部的隆起性病变，可以大致判断其位于黏膜下，然后进一步可以通过超声肠镜来判断其深度、表观和形态，对于痔疮也可以通过肠镜来进行判断。