鼻窦黏液囊肿患者的治疗首选鼻内镜下囊肿切除术，可以有根治效果，对于合并感染者可同时辅助药物治疗。多数患者的治疗周期为3周左右。
一、药物治疗
1、青霉素：适于合并感染的鼻窦黏液囊肿，属于广谱抗生素，对多数细菌有较强的杀菌作用，适于合并感染者，主要通过静脉注射，每次用药前均需试敏，避免出现过敏的不良反应。
2、头孢克肟：适于合并感染的鼻窦黏液囊肿，属于头孢菌素类抗生素，具有广谱抗菌作用，适应范围广，对细菌有很好的杀伤作用。不良反应不常发生，即使发生，也较温和且短暂。
二、手术治疗
鼻内镜下囊肿切除术：通过鼻内镜清楚的看到囊肿位置，进行彻底的切除与囊液引流，有一定的根治作用。若存在颅底缺损者可同时进行颅底修复。