扁桃体的割除通常没有后遗症，但是会有手术的并发症。通常扁桃体切除，主要用于慢性扁桃体炎的反复发作，每年发作三到四次，持续两年以上，或者扁桃体的肥大，影响打鼾，导致睡眠呼吸暂停综合征。
手术以后最常出现的是出血，出血量非常大，如果止血的效果不好会危及生命。还有迟发性的出血，在手术五六天后突然出血，还有的人会时间更长，出现突发的术腔出血，此时一定要到医院就诊，进行止血。
还可能会出现感染，病人会有术后有持续性的发热，咽痛加剧，此时要到医院进行复查，可能考虑是感染。还有术后有的病人会形成瘢痕，引起咽喉的不适，手术后并发症都有相应的治疗措施，所以发生并发症一定尽早到医院就诊。