慢性附睾炎常见于两种情况，一种情况称之为非特异性的附睾炎，非特异性附睾炎是由于前列腺炎细菌感染，沿着输精管到达附睾，形成的附睾炎，通常感染的部位是在附睾的头部。主要是采用抗生素治疗，以口服抗生素为主，也可以用一些中成药来软坚散结、解痉止痛、缓解症状。
另外一种慢性附睾炎，称之为特异性的附睾炎，通常是好发于附睾的尾部，致病菌常常是结核菌也叫附睾结核。和慢性附睾炎头部附睾炎的区别，一个部位不同，再一个附睾尾是增大、变硬的。对于结核性的附睾炎，治疗的方法主要是应用抗结核药物。抗结核药物的应用周期一般是三个月左右，根据治疗当中药物反应的情况，肿块变软、变小的情况来调整治疗时间。