睾丸一旦发生萎缩，一般认为是不能恢复的。当然，具体情况要具体分析，比如小孩子在青春期发育之前，由于下丘脑-垂体-性腺轴调节的激素过低，造成睾丸较小，此时可以通过注射促进精子和促进睾酮生长的激素治疗睾丸萎缩。
还有些病人是由于供应睾丸的血管过细，或者有部分堵塞会形成睾丸萎缩，可以做供应睾丸血管的搭桥手术，使睾丸的供血量增加，改善睾丸的大小。一般青春期发育之后，也就是17-18岁以后，睾丸发生萎缩在临床上是治不好的。
睾丸的功能有两个，一个是产生精子，另一个是产生男性的雄性激素。雄性激素可以通过外源性补充来维持男性的第二性征，维持男性的性欲和性功能，也就是补充十一酸睾酮，可以根据体内睾酮缺失的情况来调整补充的剂量。睾丸的另外一个功能是产生精子，如果睾丸发生萎缩，睾丸产生的精子必然减少，甚至没有精子产生。如何确定病情需要做睾丸的穿刺活检，如果里面还有精子，建议患者做试管婴儿。睾丸萎缩的情况下，精液质量的改善几率会比较低。