尿结石的治疗方法与尿结石的大小、部位、停留时间的长短有较大的关系。如果结石在肾脏中结石较小，通常采取多饮水、多运动、定期观察的方法，有一部分小结石会自行排出；如果结石较大可以采用体外碎石的方法，把大结石化整为零，以便于排除。
如果尿结石位于输尿管中通常会出现腰痛、恶心、呕吐、血尿、肾积水等等的并发症，这时候就要积极地治疗。同样小的结石可以采用排石疗法、多喝水、多运动，配合排石药物。稍大的结石可以用体外碎石的方法把石头击碎，避免了住院繁琐，体外结石方便、安全、费用比较低，但如果结石停留时间过长或者结石较大，通常就要采用输尿管镜或者是经皮肾镜手术的方法来击碎结石，把结石清除干净。