食管癌患者如果经历比较安全的手术，能够平稳下手术台，进行后续的恢复，手术后最严重的并发症是食管吻合口瘘，是食管中间吻合口出现瘘道，和周围气管、纵隔发生连通，导致反复的严重感染，而且这种感染是难治性感染。如果这种瘘口不长上，患者往往生存期不会太长。
除此之外，还可以看到肺部感染、呼吸功能障碍，还有胃瘫、吻合口狭窄、乳糜胸等等并发症，相对比较常见的是肺部感染，但大部分都能够得到及时、有效处理而痊愈，其中最难处理、最严重的应该就算是严重的食管瘘。