肛提肌综合征病因与肛周疾病病菌的刺激有关，与盆腔底部肌肉异常运动、精神因素、外伤、饮食不当、过度体力劳动、久坐盆腔长期充血有关。本病好发于久坐者、精神压力大的成年人、女性患者，性格易焦虑、抑郁，有心理障碍、有过肛门、盆腔、脊柱的手术外伤史、女性分娩导致的盆肌结构异常等因素也可以诱发本病。
一、主要病因
1、肌肉异常运动：肛提肌的过度痉挛收缩时引起肛提肌综合征的主要原因，也与盆壁肌的异常运动有关，盆底肌过度活动导致盆底神经(会阴神经)和血管受压和阻塞，引起盆底疼痛。
2、疾病刺激引起疼痛：可能和直肠炎、结肠炎、痔疮、肛裂等疾病刺激肛提肌有关。
3、社会心理因素：过度的精神紧张也会导致肛提肌综合征的发生。一些心理因素、外伤、过度体力劳动都会导致此病。
4、其他：肛提肌综合征多见于久蹲久坐的患者，如果经常饮食高油类、高脂肪类的食物，经常饮食一些辛辣、刺激的食物，也可导致肛提肌综合征的发生。
二、诱发因素
1、性格易焦虑、抑郁，有心理障碍，可诱发应激性肠炎，导致盆底肌肉平滑肌结构异常。
2、有过肛门、盆腔、脊柱的手术外伤史，导致盆底肌肉群损伤，不能随意松弛或保持紧张状态。
3、女性分娩，导致盆肌结构异常也可能会诱发本病的发生。