目前致病因素尚无统一意见，过去多认为与遗传基因有关，是先天性舌发育异常，比如舌上重肌发育异常，舌黏膜随着舌肌发育的裂隙可出现皱纹，但是裂纹舌也会因为某些复杂因素而后天发病。
一、主要病因
1、遗传因素：精神迟钝患者发病率明显增高，并发现有高发家系。有人测患者血中HLA-DR，发现DR5和DRw6抗原明显升高，而DR2抗原减少，可能与裂纹舌发病存在一定关系。
2、营养障碍：因为年龄的增长或者全身系统性疾病的发生，导致舌吸收营养能力降低、代谢异常以及全身营养吸收障碍，可能是发病原因之一。
二、诱发因素
1、年龄因素：裂纹舌的严重程度与年龄呈正相关，特别是40岁以后更明显，可能随着人体的衰老、舌体营养吸收能力降低，造成代谢障碍而产生裂纹舌。
2、地理环境、人种及营养因素：存在高发人群现象，可能与这些因素有关。
3、全身疾病因素：银屑病、梅-罗综合征、干燥综合征、伤寒、梅毒感染、唐氏综合征、天疱疮等，常伴发裂纹舌。慢性支气管病、胃炎、胆囊炎、糖尿病、结核、肝炎等慢性病可影响消化吸收，导致营养障碍，使舌黏膜松弛产生沟纹。