根据其病发部位，可分为软组织囊肿和颌骨囊肿两大类。
1、软组织囊肿：
（1）皮脂腺囊肿：中医也称“粉瘤”，主要为由皮脂腺排泄管阻塞，皮脂腺囊状上皮被逐渐增多的内容物膨胀而形成的潴留性囊肿。囊内为白色凝乳状皮脂腺分泌物。
（2）皮样或表皮样囊肿：主要是胚胎发育时期遗留于组织中的上皮细胞发展而形成的囊肿，也可由于损伤、手术使上皮细胞植入而形成。
（3）甲状舌管囊肿：胚胎至第六周时，甲状舌管自行消失，若甲状舌管不消失，则残存上皮分泌物聚积，形成先天性甲状舌管囊肿。
（4）鳃裂囊肿：胚胎鳃裂残余组织所形成，常位于颈上部。囊壁厚薄不等，含有淋巴样组织，通常覆有复层鳞状上皮，少数则被以柱状上皮。
2、颌骨囊肿：
（1）牙源性颌骨囊肿：根据来源，又可分为根端囊肿、始基囊肿、含牙囊肿、牙源性角化囊肿，以根尖囊肿最为多见。
（2）非牙源性颌骨囊肿：非牙源性囊肿是由胚胎发育过程中残留的上皮发展而来，故亦称非牙源性外胚叶上皮囊肿，又分为球上颌囊肿、鼻腭囊肿、正中囊肿、鼻唇囊肿等。