单纯性的肾囊肿没有症状，因为体积比较小，往往在体检时发现。一旦在超声检查发现有肾囊肿后，就需要进行半年到一年的复查，观察囊肿的大小及位置是否发生了明显的变化。对于肾囊肿逐渐增大，超过4cm或者更大时，会引起局部的压迫症状，产生腰疼、血尿及尿路感染等，需要及时就诊和治疗。
先天性的多囊肾主要是出现腹痛、腹胀及腹部的包块等，个别会出现囊肿的出血和感染，导致明显的腹部触痛和压痛。