1、光镜：主要表现为上皮细胞层厚薄不一，排列不规则，角膜实质板层形态扭曲，有多条嗜伊红性梭形浑浊物沉积于上皮细胞层与Bowman层之间。实质层内亦有此沉积物散存，但主要位于实质浅层，可辅助诊断为格子状角膜营养不良。
2、组织化学法：显示此沉积物为淀粉样物质，用刚果红、结晶紫和硫代吖啶黄T三种方法染色时，三项皆呈阳性反应。在偏振显微镜下观察，病变呈现双色性与双折光性，采用免疫组化方法亦证实沉积物为淀粉样物质。
3、电镜：电镜显示上皮基底细胞退行性变，胞质内有空泡形成。上皮基底膜变厚且不连续，半桥粒消失。Bowman层厚薄不一，且存断裂。实质层内的角膜细胞数目减少，上皮下和实质层内的沉积物，经透射电镜观察是由很多细胞外微细的高电子密度的纤丝组成，此纤丝不分支，电镜为8nm~10nm，多数聚集成行，少数聚集成块。可确诊为格子状角膜营养不良。
4、裂隙灯检查：属于眼部常规检查，无创性检查，目的是检查角膜上皮是否完整、角膜基质有无特征性网格状浑浊等。格子状角膜营养不良早期常见角膜中央轻度弥漫性浑浊。