四联治胃病的药物副作用一般都不大，四联治胃病的药物包括有质子泵抑制剂，比如奥美拉唑、雷贝拉唑、泮托拉唑等，选其中一种即可。两种抗生素，包括阿莫西林、克拉霉素、红霉素、甲硝唑，选其中两种即可，以及一种铋剂，比如枸橼酸铋钾或者胶体果胶铋。
四联疗法主要的副作用是抗生素会导致胃肠道的不适，部分会有恶心、反胃、呕吐的表现。一般都能坚持，能够耐受一个疗程的治疗。有一种明显的副作用就是口苦，克拉霉素口服之后有明显的口苦表现，会对食欲有一定的影响，但不影响治疗。如果使用红霉素，会有胃肠道不适的表现，可有明显的反胃、恶心。如果有这种副反应，可以把抗生素放在饭后口服。有部分人会出现抗生素过敏的现象，比如在吃药期间出现皮疹、皮肤瘙痒等现象，这时需要咨询医生，调整用药。如果出现了明显的副反应，需要及时的调整用药或者停药观察。