肘关节结核的治疗是一种综合治疗方式，包括休息、疗养、营养、标准化疗药物和病灶清除治疗。其中抗结核药物治疗贯穿于整个治疗过程，并在骨关节结核的治疗中占主导地位。
一、一般治疗
支持疗法：如注意休息、避免劳累、加强营养，有贫血者应纠正贫血。
二、药物治疗
化疗药物的出现给骨关节结核的治疗带来了根本性改变，治疗上遵循早期、联合、适量、规律、全程的原则。目前，常用的抗结核药物为异烟肼、利福平、吡嗪酰胺、链霉素和乙胺丁醇，这些药物在使用时应注意毒副作用。
1、异烟肼：抗菌能力强，但可造成末梢神经炎、肝脏损害和精神症状。
2、利福平：单独使用易产生耐药性，应与其他抗结核药物联用，主要的不良反应是胃肠道反应和肝脏损害。
3、吡嗪酰胺：常与其他抗结核药物联合使用，以缩短疗程，主要的不良反应是肝脏损害和胃肠道反应。
4、链霉素：不能根除细胞内的结核杆菌，不良反应较多，主要为损害第Ⅷ对脑神经、肾脏和过敏反应。
5、乙胺丁醇：对结核杆菌具有较强的抑制作用，不良反应为球后神经炎和末梢神经障碍。
三、手术治疗
1、脓肿切开引流：“寒性脓肿”有混合感染、体温高及中毒症状重，而全身情况差时可采用脓肿切开引流。不能耐受病灶清除术时，可先行脓肿切开引流手术，待全身情况改善后，行病灶清除术。
2、病灶清除术：由于结核病灶周围常发生栓塞性动脉炎，因而造成病灶周围成为无血供区，阻碍抗结核药物进入病灶，这就是病灶清除术的病理学依据。病灶清除时一般要将骨关节结核病灶内的脓液、死骨、结核性肉芽组织和干酪样坏死物质彻底清除。由于手术可能造成结核杆菌的血源性播散，因此从手术的安全性考虑，通常在病灶清除手术之前，应进行2~4周的全身抗结核药物治疗。此术适应症为骨与关节结核有明显死骨和大脓肿形成，窦道流脓经久不愈者。此术禁忌症为伴有其他内脏活动期结核者，病情危重、全身情况差者，合并其他疾病不能耐受手术者。
3、其他手术：如关节融合术、关节置换术、截骨融合术等。
四、其他治疗
1、局部制动：目的是保证病变部位的休息、减轻疼痛，例如使用石膏固定、支具固定，肘关节结核一般需固定3个月。皮肤牵引主要用于解除肌肉痉挛、减轻疼痛、防止病理性骨折和关节脱位，并可纠正轻度关节畸形。
2、局部注射：抗结核药物的局部注射主要用于早期单纯性滑膜结核病例，特点是用药量小、局部药物浓度高、全身反应小。常用药物为链霉素或异烟肼，或两者合用。若未见好转，应选择其他方法。对冷脓肿不主张穿刺抽脓及脓腔注射，因为会诱发混合感染和产生窦道。