月经后肚子隐痛有两种可能，常见原因如下：
1、生理原因：在月经期子宫都是收缩，将宫腔的内容物排出，月经后肚子隐痛有可能跟经期延续子宫收缩有关系；
2、病理原因：疾病也会导致月经后的肚子隐痛，比如子宫内膜异位症，如果有子宫内膜异位症，在月经期可能会出现疼痛，而且这种疼痛将延续到月经过后，疼痛的病灶可能会异位到骶韧带或者宫旁周围的神经组织。另外盆腔的炎性疾病，比如盆腔有充血，发生炎性疾病的时候，在月经期本身因为盆腔充血，所以会加剧这种疼痛的情况。
如果是在月经后有肚子隐痛的情况，建议在月经干净以后到医院就诊。先查明一下肚子隐痛的原因，比如有没有炎症、有没有子宫内膜异位症，如果说这些都没有，肚子隐痛又不是很明显，而且比如1-2天后就可以自行缓解，这种情况可以先观察。