新生儿先天性心脏病血氧饱和度数值是存在差异的，和先天性心脏病的严重程度有关，如果只是非常轻微的新生儿先天性心脏病，有可能不会影响到血氧饱和度，血氧饱和度数值就有可能和正常人是一样的，会大于94%。而如果新生儿先天性心脏病较为严重，影响心脏功能，会出现供氧不足，则血氧饱和度就会降低，越严重血氧饱和度就越低，有可能只有70%~90%甚至更低。