细菌性毛囊炎治疗时主要是局部外用药物治疗，可以外用碘伏擦拭，百多邦、匹得邦、美多信，鱼石脂软膏外涂，反复发作的细菌性毛囊炎可以用口服抗生素治疗，可以口服青霉素，大环内酯类，头孢类药物治疗，另外可以口服提高免疫类药物，提高免疫力。外治可以用红外光，紫外线理疗，还有超短波治疗，促进炎症消退。如果毛囊炎比较严重，有囊肿结节可以外科手术治疗，切开引流。