结肠炎分为急性和慢性，急性主要是指细菌、病毒感染的急性肠炎，或者缺血所造成的急性缺血性肠炎等。慢性主要是指溃疡性结肠炎，以及慢性肠道缺血性肠病这一类，每一种疾病都有不同的治疗方案，并且没有所谓的特效药。所谓病来如山倒，病去如抽丝，每一种疾病都需要慢慢的治疗，恢复期间都有个过程，不能寄希望于什么特效药。
对于急性肠炎则需要给予对症的支持治疗，再给予针对病原学的治疗，疗程一般在1-2周可以治愈。对于缺血性肠病则需要给予改善微循环，注意水电解质平衡，也需要恢复数周，慢慢的痊愈。对于溃疡性结肠炎的治疗比较复杂，主要是通过药物进行治疗，氨基水杨酸制剂是治疗溃疡性结肠炎的主要药物，糖皮质激素适用于炎性肠病急性期活动时候的药物，免疫抑制剂用于激素无效时的维持治疗。如果出现炎性肠病的并发症，需要进行手术治疗。