妊娠合并再生障碍性贫血的病因较复杂，半数为原因不明的原发性再生障碍性贫血。目前认为妊娠不是再生障碍性贫血的原因，但妊娠可能使原发病情加重，主要发病环节在于异常免疫反应、造血干细胞数量减少、造血干细胞功能异常，而这些环节可被辐射、化学物质、药物、感染、遗传等因素所影响。
一、主要病因
1、感染：在孕期的各种急、慢性感染可以导致孕妇发生再生障碍性贫血，特别是肝炎病毒。　
2、化学药物因素：药物是引起妊娠合并再生障碍性贫血的常见原因，在孕期误服或使用氯霉素类抗生素、磺胺类药物、抗肿瘤化疗药物，可抑制骨髓造血功能，导致孕妇发生再生障碍性贫血。另外接触苯、有机磷农药等化学制剂后，也有可能导致孕妇发生再生障碍性贫血。
3、电离辐射因素：长期接触X射线、镭及放射性核素等可影响DNA的复制，抑制细胞有丝分裂，干扰骨髓细胞生成，导致造血干细胞数量减少，从而使孕妇出现再生障碍性贫血。
4、遗传因素：部分遗传基因缺陷也可能引起孕妇在孕期发生再生障碍性贫血。
二、诱发因素
1、感染因素：病毒感染包括EB病毒、肝炎病毒、微小病毒、带状疱疹病毒、HIV。
2、药物因素：氯霉素类抗生素、磺胺类药物，与剂量关系不大，与个人敏感有关，抗肿瘤化学药物对骨髓的抑制与剂量相关。
3、物理、化学因素：长期接触电离子辐射、核辐射、X线辐射、有机磷、农药、汽油、砷、汞等物理、化学因素，也可能造成再生障碍性贫血。