精子射在肛门口也会感染HIV，但是这种情况下感染HIV的可能性会明显下降。目前艾滋病主要是通过性接触传播而感染，一般认为阴道性交与肛交对艾滋病的传播作用基本相同，大量研究表明，艾滋病从男性传染给女性的风险，比女性传染给男性的风险要高。
肛交是否能够感染艾滋病，还要取决于艾滋病感染者体内的病毒载量，如果病毒载量高，感染艾滋病的风险也大；另外如果精子射在肛门口，感染的风险也会减少。但是如果对方的肛门口有皮肤破损，感染的风险也会有所增加。