小儿慢性良性中性粒细胞减少症需要短期持续性治疗，治疗目的主要为控制感染，无症状者可不进行治疗。采用药物进行治疗为主要手段，部分患儿还可采用表浅脓肿切开引流术进行脓肿引流。
一、一般治疗
多数患儿无症状，无需频繁就医或限制活动等，注意饮食安全和个人卫生即可。如果有明确的感染表现，则需明确感染源，进行抗菌治疗。
二、药物治疗
1、莫匹罗星：本药为局部外用抗生素，如患儿出现皮肤破溃等症状，可用本药涂抹于患处，进行抗感染治疗，其对与皮肤感染有关的各种革兰阳性球菌，如葡萄球菌、链球菌作用明显。
2、头孢曲松钠：感染较严重者可采用静脉注射，疗效较好，可用于敏感菌所致的肺炎、支气管炎等感染，还可用于败血症的治疗。
3、胸腺肽：具有调节和增强人体细胞免疫功能的作用，能促使T淋巴细胞成熟，增强患者免疫系统功能。
4、重组人粒细胞集落刺激因子：调节骨髓中粒细胞造血的主要细胞因子之一，能选择性作用于粒系造血祖细胞，促进其增殖、分化，并可增加粒系终末分化细胞的功能。
三、手术治疗
表浅脓肿切开引流术：若患儿出现严重皮肤炎症、脓肿，可视情况对成熟脓腔进行切开、引流，并进行局部清洁护理，可有效治疗皮肤炎症。
四、其他治疗
紫外线照射疗法：可直接杀伤创面病原菌，抑制其生长，控制局部的感染，达到促进感染创面恢复的作用。