先天性十二指肠闭锁可分为以下三种类型：
1、隔膜型：肠管外形保持连续性，肠腔内有未穿破的隔膜，常为单一，亦可多处同时存在；隔膜可薄而松弛，向梗阻部位的远端脱垂形成风袋状；隔膜中央可有针尖样小孔，食物通过困难，壶腹部常位于隔膜的后内侧。
2、盲段型：肠管的连续中断，两盲端完全分离，或仅有纤维索带连接，肠系膜亦有V型缺损，临床上此型少见。
3、十二指肠狭窄：肠腔黏膜有一环状增生，该处肠管无扩张的功能，也有表现为在壶腹部附近有一缩窄段。