原发性肺结核主要是因结核分枝杆菌感染引起的，由于机体免疫力明显低下或结核分枝杆菌毒力强、数量大及机体剧烈变态反应，发展为原发性肺结核病。原发性肺结核多发生于儿童及未感染过结核杆菌的青少年或成人。
当人体抵抗力降低时，经呼吸道或消化道初次侵入机体的结核菌，常在肺部或肠壁形成原发灶，90%~95%发生在肺部。吸入感染的结核菌在肺脏任何部位都可形成渗出性炎性病灶，称为原发病灶，多发生在上叶底部、中叶或下叶上部(肺通气较大的部位)，以右肺最多见。病灶较小，大多为单个，有时也有两个或多个，原发感染时胸膜易被波及。结核菌感染4~7周出现变态反应时，有原发病灶周围反应并出现郎罕细胞、结核结节等增殖性病变。随后病灶中出现干酪坏死，在原发病灶形成过程中结核菌沿着所属的淋巴管到达肺门和纵隔淋巴结，引起淋巴管炎和淋巴结炎，后者同样有干酪样改变。不仅原发病灶同侧的引流淋巴结肿大，有时对侧或远隔淋巴结也可受累。幼儿淋巴结常显著肿大。肺内原发病灶、肺门淋巴结炎和连接两者间的淋巴管炎三者统称为原发综合征。