霉菌性溃疡主要症状会有胸骨后的烧灼感、疼痛，尤其是在呃逆的时候疼痛更加明显，进食比较热、辛辣、刺激的食物，食道会有烧灼感，也会有食管紧缩感。这有时候与心肌梗死、心绞痛很难鉴别，需要进行内镜检查，取标本进行显微镜下的观察，涂片、培养都可以，才能够明确诊断。
霉菌性溃疡又可以称为是真菌性溃疡，主要发生在食管，其临床症状与真菌性食管炎类似。真菌性食管炎和溃疡属于消化道的念珠菌感染之一，念珠菌属于真菌类，由白色念珠菌或其他念珠菌引起的疾病，统称为念珠菌病。念珠菌是一种条件致病菌，健康人的口腔和食管内的真菌不致病，属于正常菌群。食管真菌感染以白色念珠菌最多见，受到其他共生菌的制约，在免疫介导的时候受损，有免疫受损则容易致病，导致食管发生糜烂、溃疡。