对于阑尾黏液囊肿的患者，手术彻底切除囊肿是唯一有效的治疗手段，当囊肿黏液外溢进入腹腔，除了完整切除囊肿外，仍需要辅以化学药物治疗及腹腔热灌注治疗。
一、药物治疗
阑尾黏液囊肿无一般药物治疗，以化学药物治疗为主。
二、手术治疗
手术是阑尾黏液囊肿首选的治疗方法，其要点是完整切除术肿物，避免囊肿破裂，引起种植。具体手术方式与囊肿的部位、大小及与腹腔脏器粘连情况有关。阑尾黏液囊肿手术方式的选择要点包括囊肿是否位于阑尾基底部、囊肿是否穿孔、是否探及阳性淋巴结。
1、单纯阑尾切除术：适于囊肿较小且与阑尾根部有一定距离，探查见回盲部无异常且无穿孔的患者。
2、阑尾加部分盲肠/盲肠壁切除术：适于囊肿基底部较宽大且靠近盲肠、粘连较重者。
3、根治性右半结肠切除术：对于回盲部肠粘连较重伴肠梗阻、怀疑恶性肿瘤者，应扩大切除范围，行根治性右半结肠切除术。
三、化学药物治疗
通过化疗药的作用杀死增长时期的肿瘤细胞，从而起到控制病情进展，甚至达到治愈的作用，并且能够减少肿瘤复发，常用药物有氟尿嘧啶等。适用于囊肿黏液外溢进入腹腔，存在腹膜假性黏液瘤的患者。
四、其他治疗
腹腔热灌注治疗对于恶性肿瘤有很好的治疗效果，在使用腹腔热灌注治疗时，通常可以杀死体内的癌细胞，因此可以在手术治疗癌症后使用。一般选择热的蒸馏水，通过热力的循环，让肿瘤细胞发生坏死。需要注意的是，控制热浸灌的温度，不要超过人体的生理温度，以防热灼伤腹腔脏器，造成不必要的损伤。