肛瘘手术后的复发率并不高，肛瘘手术后的复发率总体约为10%-20%，但其复发率的高低和肛瘘的类型也直接相关，对于低位单纯性的肛瘘，其复发率非常低，一般低于1%，而对于一些高位甚至是高位复杂性肛瘘，其复发率就比较高。
导致肛瘘复发，主要是在手术的过程中遗漏了瘘管以及内口的处理，如果在术中遗漏了瘘管内口的处理，就会导致术后切口愈合不良，也会再次出现局部反复的肿痛以及流脓症状，还有少部分的肛瘘术后患者复发，是由于没有定时换药以及复诊，造成切口假性愈合所形成。