肛瘘并不会导致腹泻，肛瘘的主要症状为肛周反复流脓以及肿痛，由于肛瘘有内口、外口以及瘘管，内口内有污染物质进入时就会导致瘘管内的感染、积脓，脓液无法排出时患者就会感觉到局部有肿痛症状，当压力达到一定程度时外口就会重新破溃，或者从外口周围正常皮肤破溃，脓液流出后疼痛症状随之缓解。
虽然肛瘘不会导致腹泻，但是一些可引起腹泻的肠道炎症性病变会引发肛瘘的形成，例如溃疡性结肠炎、结核性肠炎以及克罗恩病，都有可能会导致肛瘘形成，大多为复杂性肛瘘。所以在临床上对一些复杂性肛瘘术前需要行肠镜检查，以排除类似炎症性肠病的疾病。