移植后淋巴增殖性疾病患者治疗的关键是及时发现并治疗，治疗上受限于患者本身的基础疾病以及对药物的耐受，预后较差，一般需要采取长期持续性治疗。
一、药物治疗
靶向药物：利妥昔单抗是一种CD20的单克隆抗体(靶向药)，是治疗移植后淋巴增殖性疾病最常用的药物之一。可单用利妥昔单抗联合或不联合减少免疫抑制剂。鞘内注射利妥昔单抗，可以治疗中枢神经系统的移植后淋巴增殖性疾病患者。对出现严重反应的患者，特别是有严重呼吸困难、支气管痉挛和低氧血症的患者应立即停止滴注，还应该评估患者是否出现肿瘤溶解综合征。
二、手术治疗
手术切除一般用于局部新发病灶或复发的移植后淋巴增殖性疾病，用于解除肿瘤压迫或者浸润导致的严重并发症，例如压迫气管或食管，引起患者呼吸困难或吞咽困难等症状，根据病变部位以及患者身体情况，选择合适的手术方式，必要时需要相关的外科医生与血液科医生联合协商，制定手术以及治疗方式。
三、放射治疗
放射治疗一般用于局部新发病灶或复发的移植后淋巴增殖性疾病患者，用于解除肿瘤压迫或严重并发症，对于孤立性病灶也有一定效果。
四、化学药物治疗
化疗药物：对于单克隆恶性转化的移植后淋巴增殖性疾病，首选的治疗方法也是减少免疫抑制强度，如果没有效果再选择化疗或其他方法。对于病变范围广泛、一线治疗方案不佳的患者，可以考虑使用细胞毒性化疗药物，可以使用环磷酰胺、长春地辛以及泼尼松等药物，对于这些病人具有更好的疗效。在化疗期间停用所有的免疫抑制治疗，在最后一个疗程化疗结束后再重新开始应用。联合化疗的效果优于单药治疗，但是联合化疗的毒副作用大，需要严格评估患者耐受性。
五、其他治疗
供者淋巴细胞输入：可以用于治疗移植后淋巴增殖性疾病患者，其对EB病毒-移植后淋巴增殖性疾病患者的有效率可以高达80%，对利妥昔单抗耐药的患者仍有效，但是会增加移植物抗宿主病的风险，需要把握使用时机。