食管胃黏膜异位症没有症状者可不进行治疗，随访观察即可。部分需治疗的患者根据自身情况而定，可通过药物或手术治疗提高患者生活质量，控制病情发展。
一、一般治疗
随访观察：食管胃黏膜异位症多数患者无明显临床表现，对无症状者无需特殊治疗而随访观察。低级别瘤变的患者需要监测，一旦出现病情严重或腺癌，必须及时进行治疗。
二、药物治疗
1、组胺H2受体拮抗剂：可通过抑制胃酸分泌改善患者症状，常用西咪替丁、雷尼替丁、法莫替丁。
2、质子泵抑制剂(PPI)：通过阻断壁细胞的H+-K+-ATP酶来抑制胃酸分泌，可选用奥美拉唑、兰索拉唑、雷贝拉唑等。
三、手术治疗
1、大块黏膜切除术：食管胃黏膜异位症若发生上皮内瘤变甚至早期腺癌，可以通过内镜下黏膜切除术治疗。
2、外科手术：发生癌变，常用手术方式为颈部食管切除术、咽部分切除术、喉头切除术和双侧颈部姑息性淋巴结清扫术。
四、其他治疗
因食管环、食管蹼等形成的食管胃黏膜异位症患者，可以内镜下扩张治疗，伴有不典型增生、黏膜内癌变的患者，可根据情况行电凝、黏膜切除等治疗。