基底节区多发脑梗死是与高血压病，糖尿病，血脂异常等相关的，是由于长期高血压病等，造成基底节区穿支的动脉粥样硬化，引起动脉血管的狭窄或闭塞，进一步导致基底节区的缺血缺氧，从而形成脑梗死。基底节区多发脑梗死也是和穿支动脉的先天缺陷有关，这些穿支动脉是从大脑中动脉直角分出的，且缺少弹力层，因此更容易发生病变。