胰腺囊肿分成真性和假性囊肿两大类，前者较少见，受先天性和后天性因素作用而成，一般囊肿较小，有时不引起临床症状。后者比真性囊肿多见，多发生在急性胰腺炎或外伤之后，常引起症状。
一、主要病因
1、胰腺真性囊肿：
（1）先天性胰腺真性囊肿：先天性胰腺真性囊肿是胰腺外分泌腺的先天性畸形病变，较罕见。可分为孤立性胰腺囊肿、多发性胰腺囊肿、肠源性胰腺囊肿、皮样囊肿、胰腺血管瘤样囊肿等类型，具体病因尚不明确。
（2）后天性胰腺真性囊肿：后天性胰腺真性囊肿属于潴留性囊肿，囊肿衬有上皮，多由于胰管的阻塞导致远侧胰管或腺泡发生囊性扩张和胰液潴留而形成，包括各种因素引起胰管阻塞导致的潴留性囊肿和胰腺囊性肿瘤。
2、胰腺假性囊肿：胰腺假性囊肿是继发于急性、慢性胰腺炎或胰腺损伤后的并发症。急性胰腺炎或胰腺外伤后，胰腺实质或胰管破裂，胰液外溢，伴随血性和炎性渗液，刺激胰腺周围的腹膜，引起纤维组织增生逐渐形成囊壁将其包裹。因囊壁没有上皮细胞覆盖，故称假性囊肿。囊肿形成时间一般在疾病发生后2周以上，囊壁成熟则需4~6周或更长，达3个月之久。
二、诱发因素
胰腺囊肿无明显诱发因素。