羊水少主要的危害包括对胎儿及母体的影响。对胎儿方面，主要是很容易导致胎儿宫内缺氧，严重者会引起胎死宫内风险。另一方面，如果在孕早期出现羊水少，很容易导致肢体粘连形成胎儿畸形风险。孕中晚期可能会引起骨骼畸形，手足畸形或者是先天性的肺发育不全，扁平鼻等畸形表现。通常情况下合并有胎儿宫内生长受限，预后很差，很多患儿在分娩后很快死亡。对于母体的影响主要是可能影响正常的顺产，会增加手术分娩及引产率。