葡萄球菌性食物中毒的主要病因是食用含有葡萄球菌及其所产生的肠毒素所污染的食物导致。人群普遍易感，好发于夏、秋季节。
病因很简单，即为食用被金黄色葡萄球菌及其所产生的肠毒素所污染的食物造成，但它的发生与下列因素相关：
1、引起中毒的食物：国内最常见的中毒食品为乳及乳制品，蛋及蛋制品，各类熟肉制品，其次为含有乳制品的冷冻食品。此外，剩饭、油煎蛋、糯米糕和凉粉等引起的中毒事件也有报道，个别也有含淀粉类食品引起的中毒事件。食品的污染源主要是带菌的人和动物。
2、葡萄球菌污染途径：
（1）患有化脓性皮肤病、急性上呼吸道炎症和口腔疾患的病人，或健康人的咽喉和鼻腔、皮肤、头发经常带有生产肠毒素的菌株，经手、飞沫或空气污染食品。
（2）畜、禽肉体局部患化脓性感染时，感染部位的葡萄球菌对肉体或其他食品造成污染。如乳畜患乳房炎时，其病原60%为葡萄球菌引起，这时生产的乳制品就能带有菌群。
（3）食品在加工前本身带菌，或在加工过程中受到污染，产生了肠毒素，引起食物中毒。
（4）熟食制品包装不密封，运输过程中受到污染。
3、食物中肠毒素形成的条件：
（1）食物被葡萄球菌污染后，若在37°C左右的温度下存放且通风不良、氧分压降低时，则肠毒素易于形成。
（2）食品受污染的程度越严重，葡萄球菌繁殖越快，越易形成肠毒素。
（3）含蛋白质丰富，含水分多，且含一定淀粉的食品，如奶油糕点、冰淇淋、冰棒、剩饭、凉糕等或含油脂较多的食品如油煎荷包蛋、油炸鱼罐头等受葡萄球菌污染后易形成毒素。
4、入口途径：
（1）生熟食物的交叉感染或餐具未经任何卫生处理，导致直接入口食品被致病菌污染。
（2）食品在被食用前未被彻底加热，导致未能杀死致病菌。
（3）已产生的肠毒素是一种可溶性蛋白质，耐热，100℃煮沸30分钟不被破坏，也不受胰蛋白酶的影响，加热食品可以灭活葡萄球菌但其产生的肠毒素多无法有效消除，因此如果服用已被肠毒素污染的食品多会发病。