目前，肺泡微结石症尚无有效治疗方法，因此重点在于预防。其发病主要是与遗传因素以及环境因素有关。因此，要针对这两种因素采取预防措施。
（1）无论是健康人群还是有肺泡微结石症家族史人群，都应该避免或减少粉尘、花粉、烟雾吸入，避免主动和被动吸烟，以免加造成肺部损害。
（2）对于有肺泡微石症家族史的人群，尚未发现患有肺泡微结石症的人群应当定期体检，复查胸片，适当运动，养成良好的生活习惯，增强体质，提高机体免疫力。
（3）对于已经确诊肺泡微石症的患者，一方面要避免吸入粉尘，戒烟，另一方面要合理运动，保持呼吸肌肉和肢体力量，注意康复治疗。出现症状时对症支持治疗，提高生存质量，出现低氧或呼吸衰竭时应注意氧疗，避免肺动脉高压及肺源性心脏病的发生，达到稳定病情的目的。