小儿先天性面肌双瘫综合征的总体治疗为长期持续性治疗，一般治疗以对症治疗为主，药物治疗结合手术治疗，其他治疗主要是康复训练。手术治疗主要针对于内斜眼患者进行矫正治疗。
一、一般治疗
以对症缓解为主，无特异性的治疗方法可完全治愈本病，以改善患者一般状况和恢复功能为主要的治疗目标。
二、药物治疗
1、泼尼松：这是典型的糖皮质激素，在本病的治疗中可促进患者相关舌体的萎缩恢复，以及改善发育较差的症状表现。
2、阿昔洛韦：该药主要目的是治疗由于病毒感染导致的面部表情缺失症状，是典型的抗病毒药物。
3、甲钴胺：这是营养神经的临床常用药物，对于本病患者的相关神经系统症状有着较为明显的改善作用。
4、多西环素：该药主要应用于细菌感染引起的面瘫等，可用于本病的辅助治疗。
三、手术治疗
本病的手术治疗主要是内斜眼患者的手术矫正，无法通过佩戴眼镜纠正的患儿，只能通过手术来彻底纠正其症状。
四、其他治疗
本病的康复治疗主要以康复训练为主，特别是本病的部分患儿可出现学习说话和走路的障碍，需要科学的康复训练帮助其逐步学习。