子宫内膜异位症的症状最主要的就是疼痛，而且典型症状为继发性的痛经、进行性加重。疼痛的位置多位于下腹部或者腰骶，以及盆腔中间，有时候还可能放射到会阴和肛门，以及大腿，而且是在月经来潮时就出现，并会持续整个月经期间。同时还会出现同房疼痛，一般表现为深部的同房痛，而且在月经来潮前性交痛最为明显。部分患者会出现月经量的增多，以及经期延长。