避免接触嗜热放线菌是预防农民肺的根本措施，反复发作农民肺的患者应转换职业，离开发病环境。如仅发病1~2次后未再发病，则可在采取一些预防措施后仍从事原来工作，建议从事农业生产的农民每年行一次包含胸部影像学检查的体检。
（1）收藏柴火、干草、粮食、饲料要选择地势高、干燥通风的地方，防止雨淋，并经常通风、翻晒，防止发霉，不在住房内堆放柴草，不用发霉的禾草铺床。
（2）翻动或取用上述物料时应注意通风、吸尘，站在上风处戴双层防尘口罩操作；采用机械操作时也应注意出料密闭，防止粉尘飞扬；漏气的管道、布袋要及时检查修补，或安装旋风式集尘器、布袋滤尘器。
（3）在温室或蔬菜大棚内从事农副业生产应戴口罩、手套操作；工作结束后应更换干净衣服；工作服、口罩、手套应及时清洗并晒干。
（4）如接触发霉的粮、草或从事温室工作后出现类似感冒症状，应想到罹患农民肺可能，并及时告知就诊医师。