怀孕三个月打掉孩子的危害有很多。首先随着孕周的增大，子宫增大，手术操作过程中，子宫收缩差时，可能会有大出血的风险。
其次，在妊娠期间，子宫相对比较软，手术操作过程中可能出现子宫穿孔、内出血、脏器损伤等风险。
另外，部分女性人流过程中可能会出现心动过缓、心律不齐、面色苍白、头昏、胸闷、大汗淋漓等人工流产综合反应的情况，还有部分女性可能会出现刮宫不全，伴宫内残留等相对的情况，需要再次刮宫。
另外，所有的宫腔操作均有可能发生急性子宫内膜炎、盆腔炎等炎症的情况，需要预防性应用抗生素。还有极少部分女性可能出现羊水栓塞等严重的情况，远期的并发症可能会有宫腔粘连、宫腔严重感染、慢性盆腔炎、月经失调、继发性不孕等情况。