军团菌肺炎的首选药物为大环内酯类药物或者氟喹诺酮类药物，另外四环素类药物和利福平对军团菌肺炎也有一定疗效，氨基糖甙类及青霉素类、头孢菌素类抗生素对本病无效。初始治疗应通过静脉给药，通常3-5天出现临床治疗的反应，而后给予口服序贯治疗，对免疫力正常的患者，整个治疗疗程约为10-14天，对免疫缺陷者和晚期病例应延长到三周左右的时间。