疱疹性咽峡炎的治疗，对于一般病例来说，可以门诊治疗，居家隔离，可口服清热解毒的中成药。对于口腔疱疹可以局部喷干扰素喷剂或者其他清热解毒中成药喷剂治疗。对于出现高热，呼吸困难或者吞咽困难的病例，则需要住院治疗。对于合并细菌感染或者扁桃体化脓性感染的，可予以大环类脂类抗生素抗感染治疗，可以选择用阿奇霉素。