阴茎癌的临床诊断包括：病理组织学诊断，医学影像学诊断和血液肿瘤标志物诊断三部分。病理组织学诊断主要依赖于阴茎肿瘤的病理活检，可以进行肿瘤组织上的直接取材，或者淋巴结活检等途径获得，病理组织学诊断是阴茎癌的必须手段。部分患者尚需要进行局部CT或者核磁共振的检查，评估肿瘤局部的情况，以及确定是否有淋巴结转移等情况。对于血液肿瘤标志物检查，临床上主要进行癌胚抗原、神经烯醇化酶等指标检测，以起到协助临床诊断的目的。