乙脑病毒的主要传播媒介是蚊虫。带病毒的蚊虫叮咬人时，病毒随蚊虫唾液侵入人体皮下，先在毛细血管内皮细胞及局部淋巴结等处的细胞中增值，随后有少量的病毒进入血循环，成为短暂的第一次病毒血症。此时病毒随血循环散布到肝脾等处的细胞中继续增殖，约经4到7日潜伏期后，在体内增殖的大量病毒，再侵入血流成为第2次病毒血症，引起发热，寒战及全身不适等症状。