临床上磁共振一旦诊断为骶管囊肿，通常行手术治疗，来治疗骶神经根或马尾神经进一步受压变性。手术效果因囊肿的位置、大小、相关神经根受压的程度及持续时间、合并脊柱退行性改变而有所差异。文献报道术后症状缓解率为38%-100%，而症状完全消失仅占20%-30%，复发率为0%-10%。
目前骶管囊肿的外科治疗手段大致分为两类。一、脑脊液分流术或转流术，包括CT引导下囊肿穿刺术、CT引导下囊肿穿刺+纤维蛋白凝胶注射填塞囊腔、囊肿蛛网膜下腔分流术等。二、显微外科手术。