先天性隐性脊柱裂的危害，主要在于是否会出现临床症状，因为在临床上大多数先天性隐性脊柱裂患者终生没有症状，仅仅是在X线平片或者CT上发现。但是，极少数患者因为低位脊髓，可能会导致遗尿、腰痛等，对于这类患者需要考虑早期进行手术，手术原则主要是解除脊髓栓系，分离和回纳脊髓和神经根，同时，将硬脑膜移植片予以修补硬脑膜下腔。如果手术前患者伴发脑积水，需要考虑进行脑脊液分流手术。