直肠增生性的息肉首先要考虑病理诊断是否明确，如果之前的肠镜活检检查，明确排除了直肠癌的可能性，仅诊断为增生性的息肉，那么它是一种良性疾病，常用的处理方法有以下几种，选择时要考虑息肉的大小、息肉生长的部位、息肉是否带蒂以及基底是宽、是窄、是浅、是深。
如果是基底较窄、带蒂的息肉，可以进行内镜下的息肉圈套勒除，或者可以行肛门镜下的息肉切除。如果是基底较宽，生长较深的直肠息肉，可以选择内镜下的黏膜下肿物切除。如果肿瘤较大，不能行内镜治疗，可以选择外科手术切除。