甲状腺髓样癌的临床症状和甲状腺乳头状癌类似，但是恶性程度更高，所以早期就有可能出现远处转移。最常见的临床症状主要是颈部包块，常为单侧或者双侧的甲状腺无痛性包块。侵犯喉返神经，可以出现声音嘶哑。压迫气管和食管，可以出现吞咽困难和呼吸困难。另外可以出现消瘦乏力，腹泻等类癌综合征。同时早期可以出现肝肺骨转移等症状。